A MüPa tervezésének idejében még nem volt olyan fontos a jövőbeni üzemeltetés, mint mostanság. Sőt, a tervezés kezdeti szakaszában még kizárólag múzeumi funkciót képzeltek el a Lágymányosi híd mellé, majd ehhez jött a Fesztiválterem és a Nemzeti Filharmonikusok hangversenyterme, így a tervezés során is számos változtatást kellett végrehajtani.
Eredetileg a Zoboki Gábor által tervezett ház tulajdonosa az állam lett volna, de aztán – mint ismert – a felek PPP konstrukcióra váltottak, így a tartós bérlet 30 évre a Nemzeti Filharmonikusok Kft. kezében maradt, mely mögött a kivitelező Arcadom áll. A MÜPA Üzemeltető Kft. aTriGranit érdekkörébe tartozik.
Mint Tódika László - aki korábban a nemzeti légitársaságnál foglalkozott üzemeltetéssel - elmondta, a 30 évre szóló kontraktus alapvetően meghatározza az üzemeltetést is, ugyanis a beruházó vállalta, hogy a három évtized leteltével az állam úgy kapja majd meg a házat, mintha akkor adták volna át, és ezt az „épületkondíciót” folyamatosan fenn is tartják a szerződés szerint. Ennek megfelelően, és tekintettel a MüPa kiemelkedő kulturális státuszára, az üzemeltetés, a karbantartásra fokozott figyelmet kap.

A munka nem kicsi. Házon belül az üzemletetésért felelős szakemberek száma megközelíti a kéttucatot és ezen felül még számos külsős beszállítóval is dolgoznak. Az üzemeltetési csapat által felügyelt gépészeti rendszerek száma a három épületrészben eléri a hetvenet . A MüPa gépészeti arzenáljába a színpadtechnika is beletartozik, de ezzel nem az épület üzemeltetői foglalkoznak.
Központi kérdés itt is, hogy a 2000-es évek elején tervezett rendszereket miképp lehetne átállítani a mostaninál gazdaságosabb működésre. Tódika László ugyan pontos összeget nem árult el, de annyit azért el tudott mondani, hogy a MüPa energiafelhasználása meglehetősen magas, ha például négyzetméter alapon vetjük össze egy másik modern épülettel. Ez egyrészt köszönhető a hatalmas tereknek, másrészt pedig az épület úgymond tartalmának is. Például a Ludwig Múzeumban kiállított tárgyak állandó hőmérsékletet és páratartalmat igényelnek, amit magas látogatottság mellett, meglehetően energiaigényes szinten tartani. A Fesztivál Színházban és Bartók Béla hangversenyteremben sem lehet pihentetni a légtechnikai berendezéseket. Az orgonának például külön gépészeti berendezés jut, hogy a sípok ne deformálódjanak és a hangolásra fordított idő ne vesszen kárba. Tódika László visszaemlékezett egy korábbi történetre, amikor a hangversenyteremben a zenekari gyülekezőben behangolt zongorát áttolták a színpadra, és mivel a termen belül más beállításokkal működött a légtechnikai berendezés, másnap a művészek csodálkozva konstatálták, hogy a hangszer elhangolódott.

A MüPa üzemeltetői számára aktuális feladat, hogy olyan megoldásokat keressenek, melyekkel csökkenthető az energiafogyasztás. Mint megtudtuk, jövőre van betervezve, hogy alaposan megvizsgálják a napkollektorok felszerelésének előnyeit, melyekkel szinte teljes egészében kiválthatnák a melegvíz ellátásra fordított fogyasztást. Érdekes tétel például a fényforrások cseréje is. A LED fényforrásokat egyre kedvezőbb áron kínálják és a fény minőség is egyre jobb, ugyanakkor most olyan helyzetben vagyunk a döntést illetően, mint amikor évekkel ezelőtt azon vacilált az ember, hogy a régi TV-jét lecserélje-e plazma vagy LCD TV-re – mondta Tódika László. A hozzávetőlegesen 16 ezer lámpatestből nagyságrendileg ezer cseréjén gondolkodnak jelenleg.

A Művészetek Palotájában távfűtés működik 6 trafóházzal és 5 külön betáppal rendelkeznek, így elméletileg csak egy országos áramszünet okozhat gondot a mindennapi működésben.

Nemcsak az épület funkciói, de az említett 30 éves PPP konstrukció is egyedülállóvá teszi a MüPa-t üzemeltetési szempontból. A szerződésben, ugyanis tételesen meghatározták, hogy az épület egyes rendszereit milyen ütemezés szerint kell felújítani. Mindent egybevetve 30 év alatt a ház teljes generálon esik át, de ezt nem úgy kell elképzelni, hogy egyszer csak bezárják a kapukat és felállványozzák az épületet. Az egyes rendszerek folyamatos felújítása tulajdonképpen az ingatlan teljes felújítását eredményezi. Persze az eredeti ütemterv változhat, hiszen már az utóbbi 5 évben is számos olyan új technológiai megoldás született, amire a tervezők eredetileg nem gondolhattak.